"Краснодар U16" — один из сильнейших юношеских составов в стране, регулярно борющийся за победу в чемпионатах России своего возраста. Команда тренируется на базе академии клуба, где молодым игрокам обеспечены лучшие условия для роста: от качественных полей до профессиональных тренеров. Игроки "Краснодара U16" обучаются по современной европейской методике, с акцентом на владение мячом, грамотное позиционирование и командную игру. Многие из них впоследствии переходят в "Краснодар U17" и далее — в молодёжный или основной состав клуба, продолжая карьеру на высоком уровне.